Die Samen des echten Schwarzkümmels werden meistens geröstet verwendet. Sie schmecken etwas bitter und scharf und haben dabei ein dezentes Aroma, das an Kreuzkümmel und geröstete Sesamsamen erinnert.
Der Echte Schwarzkümmel ist Bestandteil der Fünf-Gewürze-Mischung und von Panch Phoron (Padkaune Masala). Die dreikantigen Samen würzen oft Fladenbrote, Gemüsegerichte und Salate. Es kann ein Pflanzenöl aus ihnen gewonnen werden, das in der Küche z.B. zu Salat oder als Arznei u.a. bei Allergien, Verdauungsproblemen und bei verschiedenen Hautkrankheiten hilfreich ist.